1944年，抗战时期先后来到重庆的一部分文教、科学技术界的高级知识分子许德珩、潘菽、梁希、黎锦熙、劳君展、涂长望、张雪岩、黄国璋、叶丁易、税西恒等，发起组织了“民主科学坐谈会”，讨论民主与抗战问题，主张“团结民主、抗战到底”，发所扬“五四”反帝反封建的精神，为实现人民民主与发展人民科学而奋斗。这个组织就是九三学社的前身。
1945年9月3日，在这举世庆祝抗战胜利的日子里，“民主科学坐谈会”如开了扩大座谈会。并决定建立组织，以九月三日为命名。故又称“九三座谈会”
1946年5月4日，在重庆正式召开了九三学社成立大会。
1945年8-9月毛泽东在重庆会见了民主坐谈会的主要会员。
1946年5月12日，第一次理监事联席会议。推举褚辅成、许德珩、税西恒、张雪岩、潘菽为常务理事。梁希、卢于道、黎锦熙为常务监事。
1949年9月21至30日，九三学社出席新政协，许德珩、潘菽、黎锦熙、袁翰青、吴藻溪、薛愚为代表、叶丁易为候补代表出席。
1949年12月至1950年2月，毛泽东转达他不同意九三学社解散。
1953年3月在中共的帮助下，九三学社恢复成立中央理事会。许德珩为主席、梁希任副主席。
1950年11月底至12月初，召开第一全国工作会议。选举产生第二届中央理事。许德珩为主席、梁希任副主席。黄国璋为秘书长。并决定创办《九三社讯》
1952年9月11日至12月。召开第二次全国工作会议。组织改用通称。即社中央委员会。许德珩为主席、梁希任副主席。涂长望任秘书长。
1955年中科院成立，有43位社员担任学部委员。
1956年2月9日至16日，第一次全国社员代表大会在北京召开。许德珩为主席、梁希任副主席，涂长望任秘书长。
1958年11月28日至12月25日，召开了第二次全国社员代表大会。许德珩为主席、梁希、周培源、潘菽、茅以升、涂长望、严济慈任副主席。
1966年停止活动。
1976年重新开始。
1979年10月11日至20日，第三次全国社员代表大会召开。主席许德珩。
1980年国家自然科学奖励委员会成立，31共有11名九三社员。
1980。1《红专》复刊。
1983年12月2日至14日，在北京召开第四次全国社员代表大会。通过新章程。主席许德珩。
1988年6。27《红专》改为《民主与科学》
1988年《九三中央社讯》出刊。
1988年12月31至1989年1月8日，召开第五次全国社员代表大会。名誉主席：许德珩、严济慈、茅以升、金宝；主席：周培源。
1992年12月26日至30日，第六次全国社员代表大会召开。 名誉主席：周培源、严济慈、金宝；主席：吴阶平。
1997年11月8日至13日，在北京召开了第七次全国社员代表大会。名誉主席：王淦昌（十届中央委员会）；主席：吴阶平。
1945年9月3日，在这举世庆祝抗战胜利的日子里，“民主科学坐谈会”如开了扩大座谈会。并决定建立组织，以九月三日为命名。故又称“九三座谈会”
1946年5月4日，在重庆正式召开了九三学社成立大会。
1945年8-9月毛泽东在重庆会见了民主坐谈会的主要会员。
1946年5月12日，第一次理监事联席会议。推举褚辅成、许德珩、税西恒、张雪岩、潘菽为常务理事。梁希、卢于道、黎锦熙为常务监事。
1949年9月21至30日，九三学社出席新政协，许德珩、潘菽、黎锦熙、袁翰青、吴藻溪、薛愚为代表、叶丁易为候补代表出席。
1949年12月至1950年2月，毛泽东转达他不同意九三学社解散。
1953年3月在中共的帮助下，九三学社恢复成立中央理事会。许德珩为主席、梁希任副主席。
1950年11月底至12月初，召开第一全国工作会议。选举产生第二届中央理事。许德珩为主席、梁希任副主席。黄国璋为秘书长。并决定创办《九三社讯》
1952年9月11日至12月。召开第二次全国工作会议。组织改用通称。即社中央委员会。许德珩为主席、梁希任副主席。涂长望任秘书长。
1955年中科院成立，有43位社员担任学部委员。
1956年2月9日至16日，第一次全国社员代表大会在北京召开。许德珩为主席、梁希任副主席，涂长望任秘书长。
1958年11月28日至12月25日，召开了第二次全国社员代表大会。许德珩为主席、梁希、周培源、潘菽、茅以升、涂长望、严济慈任副主席。
1966年停止活动。
1976年重新开始。
1979年10月11日至20日，第三次全国社员代表大会召开。主席许德珩。
1980年国家自然科学奖励委员会成立，31共有11名九三社员。
1980。1《红专》复刊。
1983年12月2日至14日，在北京召开第四次全国社员代表大会。通过新章程。主席许德珩。
1988年6。27《红专》改为《民主与科学》
1988年《九三中央社讯》出刊。
1988年12月31至1989年1月8日，召开第五次全国社员代表大会。名誉主席：许德珩、严济慈、茅以升、金宝；主席：周培源。
1992年12月26日至30日，第六次全国社员代表大会召开。 名誉主席：周培源、严济慈、金宝；主席：吴阶平。
1997年11月8日至13日，在北京召开了第七次全国社员代表大会。名誉主席：王淦昌（十届中央委员会）；主席：吴阶平。
2002年12月3日至8日，九三学社第八次全国社员代表大会在京召开。名誉主席：吴阶平；主席：韩启德；副主席：洪绂曾、金开诚、王选、刘应明、闵乃本、谢丽娟、陈抗甫、冯培恩；秘书长：徐国权。
2003年3月5日至18日， 十届全国人大一次会议在京召开。我社共有70名社员当选第十届全国人大代表。社中央主席韩启德当选全国人大常委会副委员长。
2012年11月30日至12月4日，九三学社第十次全国代表大会选举产生了由２４０人组成的九三学社第十三届中央委员会，韩启德连任主席，邵鸿、谢小军、张桃林、赖明、马大龙、丛斌、赵雯、卢柯、武维华、印红当选副主席。
2013年3月11日，全国政协十二届一次会议举行第四次全体会议，韩启德当选全国政协副主席。