在校党委和九三上级组织的领导和关怀下，1985年11月2日，九三学社中国科学技术大学支社委员会成立，陆明刚、周佩玲、陈乾旺先后任主任委员。2004年1月3日，九三学社中国科学技术大学基层委员会成立，陈乾旺、王永、徐宁先后任主任委员。
截止2026年1月29日，基层委现有100名社员，博士61人，占61%，女社员29人，占29%，退休社员31人，占31%，高级职称的社员占88%，其中院士等国家级高层次人才29人。
社员的本职工作成绩显著。潘建伟、陆朝阳、朱晓波团队的“墨子号“量子通讯卫星、“九章”和“祖冲之”量子原型计算机成为国之重器；安虹团队超算成果入选习近平总书记在两院院士大会上的讲话。
社员积极参政议政。潘建伟获社省委2020年度优秀参政议政成果特等奖，安虹获社省委2020年度优秀参政议政成果二等奖，徐宁、刘啸嵩、罗箐等参与的建言材料获2021年度九三学社安徽省参政议政优秀成果特等奖，作为九三论坛口头发言，并被九三学社中央作为集体提案提交至全国政协十三届五次会议，《团结报》就此主题专门进行了采访报道。为此社省委专门发给中国科大基层委感谢信。2023年丁勇的建议得到副省长批示。
基层委社员积极投身社中央“院士专家科普行”、社省委“百名专家乡村学堂讲科普”、市科协九章论坛系列科普讲座、市图书馆科学家讲坛等活动，创新“组团-连片”方式到全国各地市中小学讲科普，影响广泛。
基层委成立以来，先后荣获社中央2004年、2009年、2025年“先进基层组织”、“2011-2015年度全国社会服务工作先进集体”、“2021－2022 年社会服务先进集体”和2022年“九三学社全国宣传思想工作先进单位”；荣获社省委13个年度“先进基层组织“、13个年度”社会服务工作先进集体“、5个年度”信息工作先进集体“、4个年度”宣传工作先进集体“、2018年“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动先进集体”；2023年11月“百名专家乡村学堂讲科普”活动15周年纪念大会上获省科协和社省委联合表彰为 “优秀组织奖”。
基层委成立以来，获九三学社中央委员会表彰的个人有，潘建伟荣获“九三楷模”称号，陆朝阳获“九三学社青年科技创新英才”称号，陈乾旺、黄刘生、孙立广、潘建伟、王永、胡小方先后获“优秀社员”称号，倪向贵获“优秀社务工作者”，王永（3次）、胡小方、倪向贵（2次）先后获“社会服务工作先进个人”，倪向贵获“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动先进个人”，王永获“参政议政先进个人”；吴健、倪向贵、周晓国、陆朝阳先后获社中央组织部“组织工作先进个人”，潘建伟、倪向贵（2次）、陆朝阳的新闻作品先后获社中央宣传部表彰。