1985年11月2日，九三学社中国科学技术大学支社委员会成立，在校党委和九三上级组织的领导和关怀下，2004年1月3日发展为九三学社中国科学技术大学基层委员会。现任主委王永教授。

截止2024年11月30日，基层委现有97名社员，博士57人，占59%，女社员26人，占27%，退休社员31人，占32%，高级职称的社员占87%，其中院士等国家级高层次人才25人。

社员的本职工作成绩显著。潘建伟、陆朝阳、朱晓波团队的“墨子号“量子通讯卫星、“九章”和“祖冲之”量子原型计算机成为国之重器；安虹团队超算成果入选习近平总书记在两院院士大会上的讲话。

基层委社员积极投身社中央“院士专家科普行”、社省委“百名专家乡村学堂讲科普”、市科协九章论坛系列科普讲座、市图书馆科学家讲坛等活动，创新“组团-连片”方式到全国各地市中小学讲科普，影响广泛。

基层委成立20年来，荣获社中央2004年和2009年“先进基层委组织”、“2011-2015年度全国社会服务工作先进集体”、“2021－2022 年社会服务先进集体”和2022年“九三学社全国宣传思想工作先进单位”；荣获社省委13个年度“先进基层组织“、13个年度”社会服务工作先进集体“、5个年度”信息工作先进集体“、4个年度”宣传工作先进集体“、2018年“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动先进集体”；2023年11月“百名专家乡村学堂讲科普”活动15周年纪念大会上获省科协和社省委联合表彰为 “优秀组织奖”。

基层委成立20年来，获九三学社中央委员会表彰的个人有，潘建伟荣获“九三楷模”称号，陆朝阳获“九三学社青年科技创新英才”称号，陈乾旺、黄刘生、孙立广、潘建伟、王永、胡小方先后获“优秀社员”称号，王永（3次）、胡小方、倪向贵（2次）先后获“社会服务工作先进个人”，倪向贵获“坚持和发展中国特色社会主义学习实践活动先进个人”，王永获“参政议政先进个人”；吴健、倪向贵、周晓国先后获社中央组织部“组织工作先进个人”，潘建伟、倪向贵、陆朝阳的新闻作品先后获社中央宣传部表彰。